15 марта 1935 г. в Полярном был сформирован лазарет на 20 коек. В 1936 г. лазарет был переформирован в госпиталь на 100 коек. В 1944 г. Полярнинскому госпиталю было присвоено наименование "Главный госпиталь Северного Флота № 8020". За все годы Великой Отечественной войны госпиталь проделал большую работу по оказанию квалифицированной медицинской помощи воинам-североморцам. В госпитале лечилось 18 тысяч раненых и больных. Процент возвращения на корабли и в части раненых с 1941 г. по 1944 г. возрос с 60% до 80%, больных с 87% до 91%.
При госпитале были созданы курсы усовершенствования врачей флота. Таким образом, госпиталь стал центром научной, учебной и лечебной работы на Северном флоте.
В 1948 г. помещения госпитального здания перепланированы: большие палаты казармы превращены в оборудованные медицинские отделения с госпитальными палатами на 4-10 коек и необходимыми подсобными помещениями.
25.04.1945 году в п. Ваенга на основании Циркуляра мор.шт. ВМФ №317 от 21.03.1945 года и приказа КСФ №0321 от 15.05.45 года сформирован 126 ВМГ со штатом 9/405-Е.
До 01.05.62 года 126 ВМГ дислоцировался в г. Североморск. В соответствии с приказом КСФ №0140 от 17.04.62 года 126 ВМГ был передислоцирован в г. Полярный. В 1963 году НМС СФ наградил госпиталь грамотой за высокие показатели в организации лечебно-профилактической работы и за 1-ое место в соц. Соревновании среди госпиталей флота. В 1967 году коллектив 126 военно-морского госпиталя подтвердил почетное звание «Коллектив коммунистического труда». Приказом КСФ №197 от 07.05.1970 года госпиталь награжден за первое место в смотре на лучшую постановку работы по медицинскому обслуживанию личного состава.
14.04.1972 года в честь 50- летия образования СССР 126 ВМГ занесен в Книгу Почёта Военного Совета СФ. 28.10.1972 года за высокие и устойчивые показатели эффективности производства госпиталю присвоено звание «Коллектив высокой культуры производства».
В 1981 году 126 ВМГ награжден переходящим Красным Знаменем, занесен в книгу почета Военного Совета СФ.
С 01.07.1983 года в соответствии с ДНШТ СФ №9/1/0434 от 15.03.1983 года 126 ВМГ переведён на штат №27/617-5 (400 коек) и ему подчинено поликлиническое отделение.
По итогам работы за 1986 учебный год госпиталь занял первое место среди медицинских учреждений на Северном Флоте. Коллектив учреждения борется за присвоение одному из старейших на Северном Флоте военно-морскому госпиталю г.Полярный имени главного хирурга Северного флота в Годы Великой Отечественной войны Дмитрия Алексеевича Арапова.
С 29.12.1987 года госпиталь переведен на штат ДШТ ВС СССР № 158/1/488 от 13.04.87 года госпиталь переведен на штат 27/780-52 (400 коек) без поликлинического отделения.
ДГШ ВС СССР № 158/1/0740 от 25.05.1990 года в штат 126 ВМГ введено психиатрическое отделение.
ДМО РФ №161/3/6238 госпиталь переведен на штат в 430 коек.
ДГШ ВС РФ 3314/6/1 от 28.12.2005 года госпиталь переведен на штат 27/334 (320коек).
Директивой ГВМУ №161/1/12165, директивой НШ СФ №34/1/0204 от 24.04.2009 года госпиталь с 01.08.2009 года переведен на штат 27/204-52 150 (коек).
Директивой МО РФ №Д-67-дсп, ДГШ ВС РФ от 28.08.2009 года № 314/6/3439 126 ВГ с 01.12.2009 года переформирован в структурное подразделение 1469 военно-морского клинического госпиталя СФ г. Полярный на штат 27/147-51.
В соответствии с требованиями распоряжения Правительства РФ от 29 марта 2012г. № 422-р и указаниями Министра обороны РФ от 30 июня 2011г. № 205/2/416 дсп в связи с изменением типа существующего федерального государственного учреждения «1469 военно-морской клинический госпиталь Северного флота» и упорядочению содержания гражданского персонала ВС РФ, содержание гражданского персонала, предусмотрено только по штатам, исключив его содержание по штатным расписаниям.
В целях исполнения вышеуказанных требований и на основании приказа командира в/ч 20226 от 20.04.2012г. № 313, числить 25 апреля 2012 года началом исполнения организационно-штатных мероприятий.
В связи с приведением в строгое соответствие штата Федерального государственного учреждения «1469 военно-морской клинический госпиталь Северного флота» штату № 27/147 и исключением штатных расписаний, 25 июня 2012 года подлежат сокращению следующие структурные подразделения госпиталя (на 150 коек г. Полярный) с сохранением коечной ёмкости на 150 коек: травматологическое отделение на 20 коек.
Во исполнение директив Министра обороны Российской Федерации от 27 мая 2013 года №№ Д-23 и Д-24, приказов Министра обороны Российской Федерации от 27 мая 2013 года №№ 396, 397, 398 и указаний начальника Генерального штаба Вооруженных Сил Российской Федерации от 26 июня 2013 года № 314/6/3175, и с целью совершенствования организационно-штатных структур медицинских соединений, воинских частей и учреждений, и на основании приказа командира войсковой части 20226 от 08 августа 2013 года № 166 с 1 сентября 2013 года федеральное государственное казённое учреждение «1469 Военно-морской клинический госпиталь» Министерства обороны Российской Федерации переводится со штата 27/147-51(01) на штат 27/417-51(01).
