373 Военно-морской госпиталь (войсковая часть 31271) был сформирован в 1966 году на основе 100-го базового лазарета объединения атомных подводных лодок, располагавшегося в губе Малая Лопаткина Мотовского залива. Первым начальником военно-морского госпиталя был подполковник м/с Раппопорт И.Л., а его заместителем по лечебной части - подполковник м/с Лошманов А.А. В последующие годы госпиталь возглавляют: Лошманов А. А., Карельский В.М., Мумыга НА., Алканович К.М., Швец А.И., Зернов В.В., Цынаков А.И., Бабайцев С.А., Саченко Г.Н., с октября 2008 года по настоящее время - подполковник м/с Архангельский Дмитрий Анатольевич.
В 1974 году начинается строительство нового корпуса на 200 коек, которое завершается в 1975 году. В 1977 году открылось 4 новых отделения: анестезиологии и реанимации, офтальмологическое, ЛОР, неврологическое. На основании Директивы ГВМУ РФ №161/1/1/4225 от 15.08.2005г. госпиталь был преобразован в 150-коечный госпитально-поликлинический комплекс. На основании приказа Министра обороны Российской Федерации от 28 апреля 2006г. №180, приказа Командующего Северным флотом от 26 сентября 2006г. №280 образовано Федеральное государственное учреждение «373 Военно-морской госпиталь Северного флота». На основании Директивы ГВМУ РФ №161/1/12156 от 07.04.2009г. учреждение переведено на штат 27/204-51. Введены травматологическое отделение, группа газообеспечения, взвод охраны и обеспечения, исключено специальное отделение.
С 01 декабря 2009 года во исполнение Директивы Министра обороны РФ № Д-67-дсп от 4.08.2009г., Директивы начальника ГВМУ № 161/1/1/6430 от 21.09.2009г. госпиталь переформирован в структурное подразделение 1469 Военно-морского клинического госпиталя СФ и переведен на штат № 27/147-51 на 150 коек.
C 01 апреля 2012 года во исполнение указаний Генерального штаба ВС РФ от 21 марта 2012 года № 314/6/1302, указаний штаба объединенного стратегического командования ЗВО от 30 марта 2012 года № 5/1/3955 ликвидировано травматологическое отделение (на 20 коек), увеличена коечная емкость отделений: хирургического (с палатами гнойной хирургии, с операционным блоком) до 40 коек, инфекционного до 30 коек.
C 01 августа 2012 года госпиталь ФГУ «1469 военно-морской клинический госпиталь Северного флота» г.Заозерск на основании распоряжения Правительства Российской Федерации № 422-р от 29 марта 2013 года переименован в госпиталь федерального государственного казенного учреждения «1469 военно-морской клинический госпиталь» Министерства обороны Российской Федерации г.Заозерск (госпиталь ФГКУ «1469 ВМКГ» Минобороны России.
